Nos tempos antigos, a água produzida por uma fonte subterrânea na base do atual santuário era considerada milagrosa e indicada para tratar, em particular, desordens do aparelho osteo-articular, como artrose e artrite.

Segundo a tradição, foi Carlo II d'Amboise (1473-1511), enquanto governador de Milão, e depois de ter sido curado graças à água de famosas propriedades milagrosas localizada naquele lugar, a requerer a fundação de um santuário, a 29 de setembro, de 1507. No século XVI, "Santa Maria alla Fontana" era já um dos três principais locais de saúde de Milão. No século XIX, devido à queima de uma fábrica de betume nas proximidades, a água subterrânea original passou a estar poluída e a fonte foi fechada.

Dos 11 bicos da igreja, hoje sai água comum da torneira. Contudo, junto à mesma, é possível adquirir pequenas garrafas de água benta, alimentando-se, assim, a crença antiga... 

Outras fontes em Milão: Fonte do Tribunal Ducal do Castelo Sforzesco, Fonte da Agulha, Linha e Nó, Fonte dedicada a São Francisco de Assis, Vedovelle, Fonte do Jardim da Porta Veneza, Fonte da Acqua Marscia, Fonte os Montes, os Lagos e os Rios da Lombardia, Reservatório de Água Potável, Banhos Misteriosos de Chirico, Fonte dos Cláustros das Rãs, Fonte dos Tritões, Fonte no Aquário Cívico de Milão,  Fonte na Praça Fontana, O Bolo dos Noivos, Fonte Apple.